Mille cinq cents personnes dont vingt-deux avocats principaux venant d'Irak, Jordanie, Libye, France, et États-Unis d'Amérique se sont proposés pour assurer la défense de Saddam Hussein. Jacques Vergès et Roland Dumas sont quelques-uns de ses nombreux avocats.
Le 7 juillet 2005, Ziad al-Khasawneh, le principal avocat de Saddam Hussein, démissionne, suite aux pressions des avocats américains, voulant l'empêcher de prendre position pour la résistance irakienne et contre l'invasion armée.
Le 8 août 2005, tous ses avocats sauf un Irakien, Khalil al-Doulaïmi, sont récusés par la famille Hussein qui les accuse de s'être autoproclamés défendeurs de Saddam Hussein sans avoir été mandatés.
Le 4 septembre, le porte-parole du gouvernement irakien annonce que l'ouverture du procès aura lieu le 19 octobre. Soit juste après le référendum sur le projet de Constitution, prévu le 15 octobre.
Ce procès concernera dans un premier temps le massacre de 143 chiites du village de Doujaïl en 1982 ainsi que la destruction de propriétés et l'exil interne pendant quatre ans des habitants de cette ville. Plusieurs autres membres de l'ancien parti Baas seront également jugés :
Taha Yassine Ramadan, ancien vice-président (exécuté par pendaison le 20 mars 2007)
Barzan al-Tikriti, ancien chef des renseignements (exécuté par pendaison le 15 janvier 2007)
Awad Ahmed al-Bandar, adjoint du chef de cabinet de Saddam Hussein (exécuté par pendaison le 15 janvier 2007)
Abdallah Kadhem Roueid, responsable local du parti Baas (condamné à 15 ans de prison le 5 novembre 2006)
Mezhar Abdallah Roueid, responsable local du parti Baas (condamné à 15 ans de prison le 5 novembre 2006)
Ali Daeh Ali, responsable local du parti Baas (condamné à 15 ans de prison le 5 novembre 2006)
Mohammed Azzam al-Ali, responsable local du parti Baas (acquitté le 5 novembre 2006)
Le porte-parole du gouvernement a également déclaré que si Saddam Hussein était condamné à la peine de mort, la sentence pourrait être exécutée sans attendre son jugement pour d'autres actes d'accusations.
Le 19 octobre, Saddam Hussein défie le tribunal en ne reconnaissant pas son autorité et plaide non coupable pour le massacre de Doujaïl.
Les témoins programmés au procès, ayant trop peur d'être des témoins publics, ne sont pas venus à Bagdad. Le premier procès de Saddam Hussein est alors ajourné pour permettre d'entendre ces derniers dans des conditions de sécurité satisfaisante. La prochaine audience était prévue le 28 novembre, mais elle a été encore une fois reportée au 5 décembre. Le 6 décembre, Saddam Hussein continue de perturber le procès.
Le 23 janvier 2006, le juge Rizgar Amin démissionne, il est remplacé par Rauf Rashid Abd al-Rahman.
Le 15 mars, Saddam Hussein est appelé par l'accusation en tant que témoin. À la barre, il a fait quelques déclarations politiques, en disant notamment qu'il se considérait toujours comme Président de l'Irak et en appelant les Irakiens à cesser les violences entre eux et à combattre les troupes américaines. Le juge a alors coupé son microphone et la suite de l'audience s'est déroulée à huis clos.
Le 15 mai, il est formellement accusé de crimes contre l'humanité et refuse de plaider en déclarant qu'« il n'y avait aucune possibilité de juger le Président de l'Irak ».
Le 19 juin, Jaafar al-Moussaoui, le procureur général du tribunal pénal irakien requiert la peine de mort contre Saddam Hussein, ainsi que contre son demi-frère Barzan al-Tikriti, et contre l'ancien vice-président Taha Yassine Ramadan.
Le 5 novembre, Saddam Hussein est condamné à mort par pendaison pour crime contre l'humanité. D'après les statuts du tribunal, il y a automatiquement appel pour ce type de condamnation. Le procès en appel devrait durer trente jours.
Le 26 décembre, la cour d'appel irakienne confirme la condamnation à mort de l'ancien président irakien Saddam Hussein. Il devrait être exécuté par pendaison dans les trente jours à venir.
Plusieurs ONG humanitaires ont dénoncé ce procès. Human Rights Watch estime ainsi dans un rapport que ce dernier fut « entaché d'irrégularités, aussi bien sur la forme que sur le fond » et « foncièrement inéquitable ».

